С 2009-м годом делать ничего не надо. Это уже проблемы работника. А вот 2010 год надо бы Вам пересчитать.
96. Piemērojot likuma 13.pantapirmās daļas 1.punktu darba devējs, pamatojoties uz fiziskās personas algas nodokļa grāmatiņā izdarītajiem ierakstiem par tiesību uz nodokļa atvieglojumu rašanos vai zušanu, veic taksācijas gada nodokļa pārrēķinu, ja nodokļa atvieglojums nav bijis piemērots par visu laiku no taksācijas gada sākuma līdz taksācijas gada beigām, par kuru personai ir bijušas uz to tiesības, vai ir bijis piemērots par ilgāku laiku, nekā personai ir bijušas uz to tiesības, un ietur papildus aprēķināto nodokli vai atmaksā par daudz ieturēto nodokli nākamajos taksācijas gada mēnešos pēc nodokļa grāmatiņā izdarīto ierakstu par tiesībām uz nodokļa atvieglojumiem aktualizēšanas.
http://www.vid.gov.lv/dokumenti/tiesibu_akti/mk%20noteikumi/iin/iin_21092010_nr.899.doc 
