Я так понимаю транспортная компания Латвийская.Согласно ст.2.2.2 оказание услуг явл-ся облагаемой сделкой.Согласно ст.7.6 местом оказания услуг явл-ся место транспортировки.В отношении товарно-транспортных услуг связанных с экспортом-импортом-транзитом товаров внутренняя территория НЕ ПРИЗНАЕТСЯ местом оказания услуги.

Доставка из России это импорт и статья закона 7,2,1 ставка налога 0. Там где ставка налога 0 основание статья 7 или 28. Другие статьи обоснованием ставки налога на транспортные услуги быть не могут.

НЕ смотря на изменения в законе по НДС,Россия(поставка из третьих стран) ИМПОРТ как и раньше здесь ничего не менялось->0%.Но мне НЕ понятно как они ВАМ выставляют счет с налогом, который вам на ТАМОЖНЕ уже внесли в стоимость товара, соотвественно со ВСЕЙ суммы(еще AN,DRN,-если есть)посчитали вам НДС. Или я не совсем понимаю Ваш вопрос? Ссылка на2п.2.ч - это услуги, может у Вас что там еще, тогда опишите конкретнее сделку и пороемся взаконе относительно места их оказания, может что и выплавет...