В договоре обязательно надо указывать с какого момента начинается гарантия. На материалы, оборудование - гарантия производителя. ( некоторые дают 1 год, 2 года, некоторые 15 лет - наример насосы.) На работу с моменты сдачи в эксплуатацию - заказчик тянет резину, советую вставлять пункт приём работы - с момента окончания наладочных работ и обучения персонала и подписания акта об этом, в пункте Заказчик должен рассмотреть в течении 5-10 дней акт и\или дать мотивированный отказ ( недоделки - их надо устранить по договору в 5-10 дней и снова выставить акт) либо принять работу, если заказчик молчит, то работа принята!Вё это надо писать в договоре. И тут пошёл счёлкать гарантийный срок.Делаете внутренний акт комиссии , что всё сделано и закрываете работу с выставлением счёта.
Сложно говорить не видя договора.Но судя по написанному - ищите всё в договоре. Возможно и судебное расследование -понятно вскроется и журнал и сроки и действия заказчика.
Поэтому внимательно читайте договор и рассуждайте, не всегда заказчик прав, уж я это точно знаю.LOL