Корректировать на надо. Можете в мае и после применить неиспользованные льготы. А прошлые годы уже трогать нальзя.

И даже нельзя именно этот год, а если будет аудит с СГД, чем это грозит

А чем вам это может грозить. Вы обидели человека и должны исправиться. Налог удерживается в момент выплаты, если вы его фактически удержали больше, чем надо и задекларировали, то что сейчас вы можете исправить. Выплатить то задним числом вы ему ничего не сможете.

Право на льготы он имеет по закону и ваша халатность этого права у него отнять не может.

Поэтому не вижу нарушений в том, чтобы предоставить эти льготы сейчас, коль уж не сделали этого раньше.

По методичке (ПНН) Вы это делаете в любой момент, когда у работника появилось на льготу и минимум право (а у него оно и так было). Остальное (за предыд. год) может получить в СГД при декларировании (а может быть уже и получил?).

Кстати о Птичках: имею живой пример, когда работнице вернули ПНН не только за 2003, но и за 2002 год, так что посылайте его...может быть получится.