Что делать, решайте сами. Все чеки на книги надо будет выбивать с НДС 5%. Как это повлияет на цену продажи (добавится НДС или будет НДС в том числе - дело ваше). Если увеличится цена продажи, надо переписать ценники.

Если вы ведете учет товаров в ценах продажи и списываете методом розничных цен, проинвентарировать их придется. А если считаете штучно или не считаете вообще, то инвентаризация ничего нового вам не даст.