1) Можно. Реконструкция сама по себе является хозяйственной деятельностью, поэтому никакого простоя нет и обосновывать ничего не надо.

2) Да, проект относится к капитальным затратам.

3) НДС отчисляется в предналог после подписания акта выполненных работ (обычно они предоставляются и подписываются регулярно, например, раз в месяц). После окончания реконструкции (приемки здания бувинспекцией) составляете письмо в СГД в свободной форме, где указываете сумму отчисленного предналога за реконструкцию. Если начиная с этого срока вы в течение 10 лет продадите реконструированную недвижимость - придется вернуть часть предналога в бюджет.

4) Полагаю на likumi.lvони есть.