Я ввожу разницу по бухгалтерии.

Что значит - вводите разницу? т.е. если в рез-те пересортицы образовались излишки или недостача, то просто через 8...ку показать эту разницу? А как в складе это откорректировать?

На складе, я думаю, недостающее списать, излишки - оприходовать. А разницу через 8-ку, как доходы, или как расходы.

Пересортица может случиться без всякой разницы, то есть цены были одинаковые, но продан не тот товар. В бухгалтерии в таком случае ничего не изменится, суммы те же, а в складе нужно в расходах откорректировать (то есть показать тот товар, что продан на самом деле), а как быть с накладными, которые ушли с неправильным товаром, пусть подскажут практики.

Можно и коррекцией на дату инвентаризации через приход-расход, как Вы сказали, документ - акт.

в случае прихода - расхода увеличиваются обороты по складу, а это правильно? ну хорошо, если сумма не большая, а если тысячи?

Чтобы не увеличивались обороты по складу, нужно корректировать накладные за прошедший период. Как Вы это себе представляете, если у Вас тысячи?

Но это было бы правильнее, в накладных должен быть тот товар, который действительно продан.

Я тоже пока не знаю , что делать . Недостача в магазите 3500 лат.Наверное нужно платить налог с оборота 18%ю и показать ибытки.

НДС недостачи не облагаются. Если нет заявления в полицию поднимаете в ПНП декларации. ИМХО.