По-моему, учредитель может простить Вам часть или весь займ. Это Ваши доходы и как следствие - увеличение прибыли.

А как правильно оформляеть( документы,проводки )уменьшение убытков за счет займа от учередителя.Нужно ли уведомлять регистр?

Соглашение в свободной форме с реквизитами/данными обеих сторон. Проводка: 8190/5140(прочие доходы/займы). Не думаю, что надо уведомлять регистр.

Убытки несколько лет , являются одним из показателей риска при отборе фирм для налоговых проверок. Но еще раз уточню ОДИН ИЗ , так что если остальные показатели риска у Вас в порядке проверки не будет.

Да и Коммерческому закону ничего делать не надо (ст. 219 давно изменена). Кроме того, что вызвать директора "на ковер" и обсудить его "недостойное поведение". А если вы до сих пор не попали в группу риска пока у вас были убытки, то едва ли попадете, если у вас пошла прибыль. Скорее у учредителя поинтересуются - откуда деньги. А так: одолжил по родственникам, как только смогу - отдам.