Проще литовцам выписать кредитный счет.

Литовцы выписали вам счет на 2000 больше, если вы уже перечислили, то они вам оказались должны 2000. Если вы им выставляете сейчас счет на услуги еще на 2000, получается, что они вам уже должны 4000, не поняла в чем фишка?

Да как литовцы-то могут иметь переплату, если счет на 2000 оплачен и никаких претензий по поводу недопоставки оборудования не выставлены?

Еще не перечислили,договорились,что на 2000 Евро окажем услуги,оказали,директор спрашивает,как выписать счет-2000+налог или 2000 вкл.налог.Я только начала работать в этой фирме,еще не разобралась толком,а ответить надо.

Да все равно у Вас каша получается. Литовцам нужно выставить вам кредитный счет, похоже, что они у себя уже провели эту сделку, если оборудование получено вами и счет тоже, а Вы выставите им свой нормальный счет за услуги по наладке оборудования, только за это Вы ПВН в бюджет заплатите

(4) Ja apliekamā persona saņem preces no citas dalībvalsts apliekamās personas un šī persona pati vai trešā persona tās vārdā minētās preces uzstāda vai montē, tad nodokli valsts budžetā maksā preču saņēmējs.