Можно и на отдельном. Но я этого не делаю. Беру сумму уже со скидкой

Если Вам не требуется выполнить каке-либо условия при оплате, приходуйте конечную сумму и соответствующий НДС как будто никаких скидок не было и в помине.

Зависит от особенностей программы. Если программа сама формирует журнал полученных накладных, тогда нужно вводить и скидку.

Так в накладной же указана конечная сумма.

Сумма то указана, только в этот журнал надо записывать и полученные скидки.

Скидка учитывается только тогда, когда от этого учета что-то зависит.

Например, Вам выписали счет и предполагается скидка при УСЛОВИИ, что Вы заплатите в течение какого-то срока. Если укладываетесь в этот срок - имеете право заплатить меньше. Тогда и списывается скидка.

Если никто и не ждет от Вас ничего, кроме оплаты фактически указанной в счете суммы, то скидку учитывать нет нужды.

Му-Майя, я не про учет, а про заполнение журнала. Есть в нем такой реквизит - полученные скидки.