Вариант самый неудачный, на мой взгляд ...выписать счет на полную сумму, а покупатель уже сам оплачивает только часть...
При наличии программы нет проблемм с авансовым счетом и ПВН
Если покупатели в основном физические лица, то зачем вообще нужна накладная и , если покупателю удобнее, то он конечно может оплатить остаток суммы через кассу
Выписали авансовый счет - покупатель оплатил - продукция готова - покупатель оплатил остаток наличными, картой, перечислением. Внутренний учет как удобнее, покупателю физическому лицу в 99% , если наличные достаточно чека