MUN IIN и годовая декларация

Работник получал зарплату в нескольких фирмах. Хочет возвратить налог за оправданные расходы-больница,учёба и тд...
Но одно из мест работы- микроб. Если заполнять Д1- зарплату МП,где нет уплаченных налогов, работник ещё остается должен. Как правильно оформить в годовой декларации эту зарплату? Или же, ставится другой код, а не 1001. Помогите советом.