Если у Вас установлен размер суточных выше, чем положен в соответствии с 219 Правилами Кабинета Министров, то разница должна добавляться к Вашей зарплате и облагаться зарплатными налогами.

Отчитываться, мне кажется, Вам надо по той сумме, которую Вы получили. А надо или не надо Вам возмещать сумму, которая свыше положенных по норме суточных, должно решать Ваше руководство. Тут, мне кажется, возможны два варианта: или Вы возвращаете непотраченные деньги, бухгалтер считает есть или нет превышение над нормой суточных в соответствии с 219 Правилами, и если есть, то это превышение добавляется к Вашей зарплате и облагается налогами. Таково мое мнение. Может кто-то более компетентный по вопросам, связанным с международными проектами, меня поправит.