Арендовали машину у Z/S
Арендовали автомашину у Z/S. Машина тогда находилась в лизинге и когда у держателя не было денег оплатить лизинг, то директор выкупил её на свое имя (не на фирму).

Надо ли начислять подоходный налог на аренду этой автомашины и удерживать её с держателя?

Ведь Z/s имеют налоговые льготы, да и фактическим владельцем авто на момент заключения договора аренды являлась лизинговая компания. Но деньги перечисляли Z/S.