1. Появился покупатель. Этот факт отображается в Управлении торговли. Вводится новый контрагент. 
контрагент вводится сначала в бух прогу, и дает  код, присвоенный программой работнику склада, у них он должен быть под тем же кодом.
 
 3. Покупатель оплачивает счет. Этот факт отображает тот, кто работает с Управлением торговли, а значит он имеет доступ к смотровому режиму в банке. 
тот, кто работает с УТ  вводит свои приходы с выписки.
 
 4. Я, как бухгалтер, разношу банк, вижу платеж от незнакомого контрагента, удаляю эту запись. 
если импортируете банк, удаляете, да.
 
 6. В Бухгалтерии появляется новый, созданный в Управлении торговли, контрагент и авансовый счет этому контрагенту. 
смотрим пункт 1.
Авансовый счет  не появляется в бух. Только оплата. Но вообще это зависит от того, как настроите выгрузку.
Остальное верно.
потом идет сверка с первичкой, и если что-то пошло не так, корректируем.
Создайте 2 тестовые базы и погоняйте выгрузку, + будете понимать, как вам настроить ее лучше.