А этот работник продолжает работать у Вас?
Если да,то удержите сейчас,если уже уволился,то пишите в СГД письмо,что человек не работает и нет возможности удержать.Пусть сам платит по годовой декларации.
Первые мысли как то так

Думаете,что работник будет подавать в суд из-за того,что ему переплатили?

Это версия СГД...

Ну а что в законе говорится? Нам цитировать или сами поищите?

Спасибо большое за совет, но кое-что я все-таки по долгу службы знаю, например:

17. pants. Algas nodokļa ieturēšana un maksāšana un nodokļa ieturēšana no ienākumiem, kuri nav saistīti ar darba attiecībām
1. Algas nodokļa ieturēšanu un maksāšanu (pārskaitīšanu budžetā) veic darba devējs, kas nodarbina darbinieku — (nodokļa) maksātāju.

29. pants. Darba devēja pienākumi
1. Darba devēja pienākums ir šajā likumā noteiktajos termiņos un kārtībā:
1) aprēķināt, ieturēt un iemaksāt budžetā algas nodokli no darbiniekam izmaksātajām summām

31. pants. Darba devēja (ienākuma izmaksātāja) atbildība par termiņā nesamaksāto nodokli
1. Ja darba devējs (ienākuma izmaksātājs) no darbinieka darba samaksas (personai izmaksājamā ienākuma) ieturēto nodokli šā likuma 17.pantapiektajā daļā noteiktajā termiņā nav iemaksājis budžetā, viņš budžetā iemaksā nesamaksātā nodokļa (pamatparāds) summu un nokavējuma naudu atbilstoši šā panta trešās daļas noteikumiem.

899.noteikumi
96. Piemērojot likuma 13.pantapirmās daļas 1.punktu darba devējs, pamatojoties uz fiziskās personas algas nodokļa grāmatiņā izdarītajiem ierakstiem par tiesību uz nodokļa atvieglojumu rašanos vai zušanu, veic taksācijas gada nodokļa pārrēķinu, ja nodokļa atvieglojums nav bijis piemērots par visu laiku no taksācijas gada sākuma līdz taksācijas gada beigām, par kuru personai ir bijušas uz to tiesības, vai ir bijis piemērots par ilgāku laiku, nekā personai ir bijušas uz to tiesības, un ietur papildus aprēķināto nodokli vai atmaksā par daudz ieturēto nodokli nākamajos taksācijas gada mēnešos pēc nodokļa grāmatiņā izdarīto ierakstu par tiesībām uz nodokļa atvieglojumiem aktualizēšanas.

Есть еще много, но хочется понять, как именно в этой ситуации поступить с наименьшими потерями, ведь это очень предыдущий период. Возможно, у кого-то был подобный опыт...

Бред какой-то. Это отношения работника с государством! Какой суд?
Работник подаст в суд на предприятие чтобы работодатель удержал с него налог для того чтобы заплатить его государству?
Отчёты по соцналогу , зарплате и удержанному налогу показывают фактическое начисление. Пересдача отчётов за 2016 год будет равнозначна признанию, что налог вы с него в тот период удерживали, но государству не перечисляли!

Да, конечно. Это-то и смущает помимо прочего. Все больше прихожу к тому, что работник должен заплатить сам. Но для этого он должен сдать декларацию за 2016-й, по крайней мере. Удержать с него налоги того года я не могу...

Я бы тоже ничего не исправляла, денег этот работник получил, которые ему не положены были, когда получал не возмущался, ну теперь пусть вернёт их обратно государству. Теперь пусть ВИД с ним разбирается.

Огромное спасибо всем за отзывчивость! Но если есть какие-то другие мнения, очень хотелось бы их узнать! Спасибо!

Странно, что на предприятии, где 400 работников, только у одного ошиблись с применением льгот.
Странно что об исправлении спрашивали неофициально у инспектора СГД, а не искали ответы в правилах чтобы исправить ситуацию сразу.
Странно, задавать вопрос о балансе 2016 года, годовой-то отчёт скорее всего присяжный утверждает.

Да ничего странного. В ВИДе недоплата только щас всплыла, потому и требуют доплатить. Все перерасчеты делаются только в рамках отчетного года. Все остальное - добрая воля буха. По мне, поезд ушел. Я бы ничего не исправляла, пусть работник сам с ВИДом разбирается

И инспектор СГД тоже позвонил,а не прислал официальную бумагу.Я бы тоже ничего не исправляла.Пусть шлют официальную бумагу,со ссылкой на законы, согласно которым фирма должна удерживать ПНН

Ну вот и другое мнение. Спасибо. Но странного в этом не так много. 1.Сейчас электронные налоговые книжки, КАЖДЫЙ МЕСЯЦ проверяются распечатеки. Если есть какие-то проблемы, можно весьма оперативно все исправить. 2.Ответа в СГД тогда не искали, у работника оказывается было микропредприятие, а налоговая на нем не была зарегистрирована. После "реформы" 2014-го года не все налоговые книжки работников попали в регистр автоматически, им надо было зарегистрироваться самим. Было много тягомотины, не все понимали, зачем, если они работают давно, регистрироваться 2014-ым годом. Не все у них получалось. Часто и весьма продолжительное время приходилось общаться с СГД. Ошибочки исправляли сами, как это делать понятно. А вот здесь упустили 3.Присяжный не проверял наличие налоговых книжек у всех работников. Вот как-то так...

Man arī attiecībā uz vienu klientu VIDam bija ideja, ka vajadzētu iesniegt labotas atskaites par 2016.gaduun piemaksāt IIN. Interesanti, ka par to pašu cilvēku attiecībā uz 2015.gaduVID tieši prasīja IIN deklarācijas iesniegšanu.
Ja iesniegts gada pārskats, es neko nelabotu.

Инспектор СГД сказала, что мы обязаны это сделать. И сказала, что может и письмо прислать, если надо(!). Вот я и пытаюсь понять, что все это значит и какие у нас есть возможности.

Un jā, arī manā gadījumā izrādījās, ka klients, kam visu laiku algu gramatiņa (pēc manām domām) bija uzņēmumā, ir kļuvis par MUN dibinātaju, par ko man nebija nekādas informācijas. Es par to uzzināju 2017.gadā, visas tā gada atskaites izlaboju, bet vecos periodus neaiztiku.

Вот пусть пришлет сначала, а дальше и будете думать

Es tai otrai inspektore, kas gribēja, lai uznēmums labotu 2016.gadaatskaites (bija pat atsūtījusii vēstuli) pazvanīju un brīnījos - kā tad tā - pagājušogad jūs paši teicāt, ka to risina ar darbinieka IIN deklarāciju? Viņa vairs neizklausījās tik pārliecināta un prasīja, bet vai viņš noteikti to deklarāciju iesniegs? Es apsolīju, ka jā. Bet man bija viegli apsolīt, jo pati to sagatavoju.

šeit ir tādā pašā situācija.

Книжка была у вас или ее не было?